Genel olarak php ile veritabanı işlemleri yapanlar veritabanı tipini myisam i defult olarak kullanmaya devam eder. Nedir ne değildir bilmedende olsa 
Şimdi size kısaca özetliyecegim.
MYISAM tablo yapısı hakkında bilgi:
Hızlı insert işlemi yapabilirsiniz. (transaction destegi olmamasından dolayı)
Full text arama işleminde kullanılır.
Kayıt sayısı arttıkça select sorgusu süresi uzar.
MyISAM text tabanlı oldugundan dolayı sunucudan kaynaklı problemler cıkabilir.
Yapılan her update komutundan sonra veritabanı şekli değişeceginden dolayı sonraki sorgu işlemleri yavaşlar.
Küçük ölçekli projeler için birebirdir.
INNODB tablo yapısı hakkında bilgi:
Büyük veritabanlarında kullanılır.
Kendi dosya yapısı formatında veri kaydı yapar.
Kendi inno db motorunu kullanır. Böylece update komutlarında hızlı çalışır.
Tablo yapısı kolayca bozulmaz
Rollback sayesinde işlemlerinizi geri alabilirsiniz.
Kaynak:
MyISAM ile innoDB arasındaki farklar
